С 2012 года вступила в силу новая редакция статьи 262 Налогового кодекса, которая устанавливает порядок учета расходов на научные исследования и (или) опытно-конструкторские разработки при определении налогооблагаемой прибыли.В соответствии с новым порядком компания-налогоплательщик вправе включать расходы на НИОКР в состав прочих расходов в том отчетном (налоговом) периоде, в котором завершены такие исследования или разработки (отдельные этапы работ). Окончание работ может подтвердить акт.Завершение отдельных этапов или НИОКР в целом должно быть документально подтверждено. Таким подтверждением может быть и акт выполненных работ. В этом случае расходы признаются для целей налогообложения прибыли по дате подписания соответствующего акта.
Расходы, связанные с приобретением права на использование программ для ЭВМ и баз данных по договорам с правообладателем (по лицензионным и сублицензионным соглашениям), учитываются при определении налоговой базы по налогу на прибыль в составе прочих расходов, связанных с производством и реализацией (подп. 26 п. 1 ст. 264 НК РФ). К указанным расходам также относятся расходы на приобретение исключительных прав на программы для ЭВМ стоимостью менее 40 000 рублей. Если из условий договора на приобретение неисключительных прав нельзя определить срок использования программ для ЭВМ, то затраты на приобретение таких программ распределяются с учетом принципа равномерности признания доходов и расходов. В налоговом учете компания вправе самостоятельно определить период, в течение которого указанные расходы подлежат учету для целей налогообложения прибыли, помня, что если в лицензионном договоре срок его действия не определен, договор считается заключенным на пять лет (.п. 1 ст. 1235 ГК РФ).
В случае обнаружения ошибок (искажений) в исчислении налоговой базы, которые относятся к прошлым налоговым (отчетным) периодам, в текущем налоговом (отчетном) периоде перерасчет налоговой базы и суммы налога производится за период, в котором были совершены указанные ошибки. Если период совершения ошибки невозможно определить, перерасчет налоговой базы и суммы налога производится за тот период, в котором выявлены ошибки. В отношении ошибок, повлекших завышение налоговой базы, Налоговый кодекс предоставляет компании право выбора — скорректировать налоговую базу текущего налогового периода или подать уточненную декларацию за период, в котором были совершены ошибки (абз. 3 п. 1 ст. 54 НК РФ). Ошибки, которые повлекли за собой занижение налоговой базы и суммы налога, нужно отражать в периоде, в котором они были совершены, если этот период известен. В случае выявления нескольких ошибок (искажений), повлекших как занижение, так и завышение налоговой базы и суммы налога, относящихся к прошлым налоговым (отчетным) периодам, налоговая база и сумма налога уточняются в разрезе каждой обнаруженной ошибки. Данный вывод описан в письме Минфина России от 15.11.2010 № 03-02-07/1-528.