Организации, перешедшие на УСН, освобождаются от обязанности ведения бухгалтерского учета. Закон не освобождает организации, осуществляющие предпринимательскую деятельность, подлежащую обложению ЕНВД, от обязанности ведения бухгалтерского учета.
По мнению Минфина России, организация, применяющая по разным видам деятельности два специальных налоговых режима, один из которых не освобождается от ведения бухгалтерского учета, должна вести бухгалтерский учет, составлять и представлять в налоговый орган бухгалтерскую отчетность в целом по всей организации.
Письмо Министерства финансов Российской Федерации от 27 октября 2010 г. № 03-11-11/283